Arbejdsgiveren betaler løn til den ansatte i fleksjob for det arbejde, der bliver udført, jf. stk. 3-5. Lønnen suppleres med et fleksløntilskud, der reguleres på baggrund af lønindtægten og udbetales af kommunen til den ansatte, jf. § 123.
Stk. 2 I forbindelse med etableringen af et fleksjob i en virksomhed skal jobcenteret hurtigst muligt komme med en vurdering af arbejdsevnen i fleksjobbet, herunder hvor mange timer personen kan arbejde i fleksjobbet, og af arbejdsintensiteten. Vurderingen danner grundlag for aftalen om fleksjob mellem den ansatte og arbejdsgiveren. Jobcenteret skal foretage en ny vurdering af arbejdsevnen i fleksjobbet, hvis arbejdsgiveren og den ansatte er enige om ændringen og i fællesskab anmoder herom.
Stk. 3 På overenskomstdækkede områder fastsættes løn og øvrige arbejdsvilkår efter de kollektive overenskomster, herunder sociale kapitler, lokalaftaler m.v. samt bestemmelser om løn- og arbejdsvilkår for ansættelse og fastholdelse af personer i fleksjob. Indeholder overenskomsterne m.v. ikke sådanne bestemmelser, eller kan disse ikke finde anvendelse til brug for fastsættelse af løn, indgås aftale om løn mellem den ansatte og arbejdsgiveren, således at bestemmelser i overenskomsten om løn og arbejdstid kan fraviges, i det omfang det er nødvendigt for at fastsætte en løn, der er i overensstemmelse med den ansattes arbejdsevne i fleksjobbet, jf. stk. 2. Jobcenteret og den overenskomstbærende faglige organisation modtager efter aftale med den ansatte kopi af aftalen om fleksjob. Tvister om anvendelsen af overenskomsterne m.v. og om løn og arbejdsvilkår afgøres ved fagretlig behandling og endeligt ved Arbejdsretten. § 11, stk. 2, i lov om Arbejdsretten og faglige voldgiftsretter finder tilsvarende anvendelse.
Stk. 4 På områder, der ikke er dækket af overenskomst, fastsættes løn og øvrige arbejdsvilkår efter aftale mellem den ansatte og arbejdsgiveren. På områder, hvor der findes en relevant sammenlignelig overenskomst, skal parterne tage udgangspunkt i overenskomsten på det sammenlignelige område. Jobcenteret modtager efter aftale mellem arbejdsgiver og den ansatte kopi af aftalen om fleksjob. Den overenskomstbærende faglige organisation modtager efter aftale mellem arbejdsgiveren og den ansatte kopi af aftalen om fleksjob, hvis der er taget udgangspunkt i en sammenlignelig overenskomst. Tvister om løn og arbejdsvilkår afgøres i disse tilfælde ved fagretlig behandling og endeligt ved Arbejdsretten, såfremt en af parterne begærer det. I så fald er arbejdsgiveren stillet, som om denne havde tiltrådt den kollektive overenskomst. § 11, stk. 2, i lov om Arbejdsretten og faglige voldgiftsretter finder tilsvarende anvendelse.
Stk. 5 Udfører en ansat i fleksjob funktionærarbejde, jf. § 1, stk. 1, i lov om retsforholdet mellem arbejdsgivere og funktionærer, men er den pågældende ikke omfattet af loven, fordi den pågældende arbejder 8 timer eller derunder ugentligt, skal arbejdsgiveren ansætte vedkommende på funktionærlignende vilkår. Ved funktionærlignende vilkår forstås i denne henseende, at vilkårene i lov om retsforholdet mellem arbejdsgivere og funktionærer gælder som helhed.