Hver fond ledes af en bestyrelse, der udpeges af ministeren for fødevarer, landbrug og fiskeri. Fondenes vedtægter skal godkendes af ministeren. Hver bestyrelse sammensættes af såvel repræsentanter for producent- og brancheinteresser som repræsentanter for offentlige interesser. De repræsentative producent- og brancheorganisationer udtaler sig i enighed om 6/11 af hver bestyrelses medlemmer. De repræsentative organisationer for offentlige interesser udtaler sig i fællesskab om 5/11 af hver bestyrelses medlemmer. Bestyrelserne udpeges for en periode på 4 år.
Stk. 2 Bestyrelsen skal påse, at forvaltningen af midlerne sker i overensstemmelse med loven, regler fastsat i medfør heraf og lovgivningen i øvrigt. Ministeren kan afsætte et bestyrelsesmedlem, som har medvirket til beslutninger i strid med disse bestemmelser.
Stk. 3 Ministeren kan meddele påbud til bestyrelsen om at bringe forhold, der strider mod loven, mod regler fastsat i medfør heraf og mod lovgivningen i øvrigt, i overensstemmelse med bestemmelsen.