Fonden ledes af en bestyrelse på 10 medlemmer. KL vælger 2 medlemmer, BL vælger 3 medlemmer, og social- og boligministeren vælger bestyrelsens øvrige medlemmer, hvoraf 3 medlemmer skal repræsentere byggerier, der indeholder henholdsvis andelsboliger, ungdomsboliger og ældreboliger, der er opført med offentlig støtte, 1 medlem skal have særlig sagkundskab inden for fondens virksomhedsområde og 1 medlem skal have særlig sagkundskab inden for byfornyede ejendomme. Ved stemmelighed er formandens stemme afgørende. Stedfortrædere vælges efter samme regler. Alle valg sker for 4 år ad gangen. Genvalg kan finde sted.
Stk. 2 Ved nedlæggelse af Afdeling C, jf. § 151 e, stk. 3, udtræder medlemmet med særlig sagkundskab inden for byfornyede ejendomme af fondens bestyrelse, og der udpeges ikke på ny et medlem med en sådan sagkundskab.