Nordsøenheden ledes af en bestyrelse og en direktion.
Stk. 2 Erhvervsministeren udpeger bestyrelsen, som består af mindst 5 og højst 7 medlemmer, herunder formanden og næstformanden, for en periode på højst 2 år. De pågældende kan genudpeges. Ministeren kan til enhver tid på et virksomhedsmøde afsætte de udpegede medlemmer.
Stk. 3 Bestyrelsens medlemmer skal tilsammen have kompetencer til at varetage Nordsøenhedens formål, herunder den fornødne faglige, forretningsmæssige, ledelsesmæssige og økonomiske indsigt.
Stk. 4 Erhvervsministeren fastsætter bestyrelseshonorarer.