Banken ledes af en bestyrelse på 6 medlemmer. Den daglige administration varetages af Økonomistyrelsen som forretningsfører.
Stk. 2 Af bestyrelsens medlemmer beskikkes 5 af miljø- og fødevareministeren og 1 af finansministeren. Miljø- og fødevareministeren beskikker et af medlemmerne som formand for bestyrelsen. Ved stemmelighed er formandens stemme afgørende. Beskikkelsen gælder i indtil 4 år. Beskikkelsen kan tilbagekaldes inden periodens udløb. Udtræder et medlem af bestyrelsen inden periodens udløb, skal der beskikkes et nyt medlem for den tilbageværende periode.
Stk. 3 Miljø- og fødevareministeren udfærdiger bankens vedtægt efter høring af bankens bestyrelse og efter forhandling med finansministeren. Vedtægten indeholder de nærmere regler for ydelse af lån, herunder bestemmelser om en passende garanti fra private pengeinstitutter, samt om den daglige forretningsgang m.v.
Stk. 4 Miljø- og fødevareministeren påser, at banken overholder bestemmelserne i loven og regler udfærdiget i medfør af loven.